Al finalizar este taller, serás capaz de:

- Escribir un reporte rápido y efectivo con el paquete R Markdown.

- Generar diferentes formatos de reportes reproducibles (HTML, Word, PDF, etc.).

- Entender que la clave para comunicar los hallazgos con otros investigadores y tomadores de decisiones es mediante la reproducibilidad.

Instalación de R Markdown

- Instalar el paquete en RStudio

install.packages("rmarkdown")

- Activar el paquete instalado

library(rmarkdown)

Empezando con R Markdown

1. File -> New File -> R Markdown

2. Proporcionar un título y un nombre de autor.

3. Dejar las opciones por defecto: Documento HTML.

4. Guardar el archivo .Rmd en alguna carpeta o proyecto.

5. Seleccionar la opción knit y se generará un archivo HTML.

Componentes Principales

1. Encabezado llamado YAML (Yet Another Markup Language), que contiene algunos metadatos.

---
title: "Mi primer reporte con R Markdown"
author: "Vilma Romero"
output: html_document
---

2. Códigos R llamados chunks.

3. Texto mezclado con formato de texto simple usando la sintáxis de Markdown.

RStudio -> Help -> Markdown Quick Reference  

Flujo de trabajo

1. Al ejecutar el documento con knit , el archivo .Rmd es compilado con knitr creando un nuevo documento de formato markdown (.md), el cual incluye el código y su salida.

2. El archivo .md es procesado por pandoc creando el documento final en el formato escogido.

Formato Básico

- Encabezados

• #, encabezado de nivel 1
• ##, encabezado de nivel 2
• ###, encabezado de nivel 3

- Listas

• Listas con viñetas, usar * o - para el primer nivel. Para el nivel 2, usar <tab> +.
• Listas enumeradas, usar los números seguidos de un punto 1., 2., ...

- Cursiva y Negrita

• Para cursiva, el texto va entre asteriscos.
• Para negrita, el texto va entre dos asteriscos.

- Insertar imágenes

• ![Etiqueta](Ruta/de/la/imagen.png)

- Insertar hiperlinks

• [Etiqueta del link](Link)

Hojas de Referencia de RStudio

Opciones de control de un Chunk

• eval = FALSE, no se evalúa el código.

• include = FALSE, evalúa el código pero no muestra los resultados en el documento final.

• echo = FALSE, no muestra el código en el documento, pero sí los resultados obtenidos.

• message = FALSE, evita mostrar mensajes en el documento final.

• warning = FALSE, evita mostrar warnings en el documento final.

• error = TRUE, permite que se ejecute el documento a pesar de errores.

Tablas con kable

library(knitr)
kable(head(iris), format = "html", caption = "Muestra de Iris")

Se pueden ver mayores detalles en el siguiente enlace Create Awesome HTML Table with knitr::kable and kableExtra

Tablas con DT::datatable

DT::datatable(iris[, 1:5], extensions = 'ColReorder', 
              options = list(colReorder = TRUE, 
                             pageLength = 5))

Matemática en R Markdown

• Dentro del texto, usar los símbolos de dólar $.

  • El resultado de $3 + 4 = 7$.
  • El área del círculo está definido por $\pi \times r^2$

• Para visualizaciones matemáticas en bloque usar $$.

$$\sum_{i=1}^{n}{x_i^2} = \frac{n \times (n+1) \times (2n+1)}{6}$$

• En resumen, usar código latex para escribir ecuaciones matemáticas.

Recursos Adicionales

- Sitio oficial de R Markdown

- R Markdown: The Definitive Guide (Yihui Xie, J. J. Allaire, Garrett Grolemund)

- R Markdown Cheatsheet

- R Markdown Reference Guide

- R for Data Science - Capítulo 27 (Garrett Grolemund y Hadley Wickham)

¡Muchas gracias!

- Laboratorio de Políticas Públicas de la PUCP.

- Organizadoras de R-Ladies Lima.

- Andrea Pontex por el diseño del póster.

Estas slides fueron creadas usando el paquete xaringan (https://github.com/yihui/xaringan) y el tema kunoichi (desarrollado por Emi Tanaka).